Un système de fichier est une méthode d'enregistrement des fichiers sur un disque dur. Tous sont spécifiques à certains système d'exploitation, bien que certains soient libres ou très largement diffusés au delà de leur système d'origine.
Standard issu des années 90, largement répandu sous DOS, Windows 3.1 et Windows 95, Le File Alocation Table 32 de Microsoft est encore un standard incontournable de nos jours car ses spécifications sont connues, et utilisées par presque tous les acteurs du marché du stockage. Anciens PC, mais également nouveaux pour leurs partitions de données, Cartes SD, clés USB, autoradio MP3, machines sous Linux et même Macintosh, tous savent le lire et l'écrire ! Néanmoins il n'est pas compatible UTF (le changement d'heure n'est pas pris en compte), se fragmente très facilement, et ne supporte pas de fichiers de plus de 4 gigaoctets.
Format beaucoup plus récent que le FAT32 dont il est sensé prendre la succession, l'Extended File Alocation Table de Microsoft supporte beaucoup plus de fichiers, de beaucoup plus grand taille (en téraoctets), mais ses spécifications restent en parties fermées, et son utilisation sujet à paiement de royalties à Microsoft, ce qui en freine la distribution, notamment vers Linux et toutes ses distributions libres et gratuites. Sauf si besoin alant au delà des spécifications du FAT32, il est conseillé de rester sur l'ancien format pour les cartes SD et les clé USB.
Le New Technology File System, de Microsoft encore, est le système des systèmes d'exploitation professionnels Windows NT de Windows. Généralisé à l'ensemble des OS grand-publics de Microsoft depuis Windows XP, c'est le système de fichier standard actuel des installations de Windows (de XP à Windows 10). Robuste grace à sa journalisation, son support UTF, et ses options de sécurité, il est de mieux en mieux supporté par Apple et les distributions Linux qui le lisent et l'écrivent désormais sans problème. Malgré sa lourdeur, il est donc conseillé pour tous les types de support de stockage destinés à être lus sur un ordinateur. En mobilité, on préfèrera encore le FAT32.
Standard de système de fichier actuel de la plupart des distributions Linux ainsi que de Google Android, Ext4 est robuste, mais manque cruellement de compatibilité native avec Windows (la faute à Microsoft). Plusieurs utilitaires permettent cependant de monter des partitions NTFS sous Windows, dont certains très bien finis. N'utilisez néanmoins pas ce format pour formatter un support de stockage externe depuis votre installation Linux, cela le rendrait illisible pour la quasi-totalité des appareils multimédia mobiles !
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